Pulsotypage ou PFGE – un outil d’aide à la décision 

Qu’est-ce le pulsotypage ou PFGE ? 

Le pulsotypage ou PFGE (Pulsed-Field Gel Electrophoresis) est une technique de typage de biologie moléculaire réalisée en laboratoire qui consiste à extraire l’ADN total bactérien de la souche étudiée et à le faire digérer par une enzyme dite de macro-restriction.

Après cela, l’ADN extrait et digéré subit une électrophorèse en champs pulsé.

A la fin des différentes étapes de la PFGE, une empreinte génétique ressemblant visuellement à un code barre est obtenue. L’analyse de l’empreinte génétique obtenue est ensuite réalisée à l’aide d’outils de bioinformatique selon un protocole d’analyse et d’interprétation standardisé.

A quoi sert le pulsotypage ou PFGE ? 

L’objectif du pulsotypage ou PFGE est de pouvoir comparer des souches microbiennes de la même espèce sur la base de leurs empreintes génétiques. Concrètement, cette technique de typage peut par exemple être utilisée pour suivre et/ou élucider des problématiques de contaminations en industrie. Ce suivi peut s’étaler dans le temps (semaines, mois, années) pour évaluer la persistance ou non d’une souche dans les produits et/ou l’environnement de production.

Le pulsotypage ou PFGE à l’ADRIA 

Le pulsotypage ou PFGE réalisé à l’ADRIA s’appuie sur des méthodes standardisées adaptées des protocoles diffusés par les laboratoires internationaux de référence ou adaptées de publications scientifiques reconnues.

A l’ADRIA, la détermination du profil électrophorétique PFGE peut être réalisée sur de nombreux microorganismes dont Listeria monocytogenes, Salmonella spp., Cronobacter spp., Escherichia coli, Bacillus cereus…

Selon le microorganisme cible, plusieurs méthodes de typage par pulsotypage ou PFGE sont proposées à l’ADRIA, et plusieurs d’entre elles sont accréditées.